はじめに

スタンフォード大学の研究チームによって開発されたCIBERSORTは、トランスクリプトームデータに基づき、デコンボリューションアルゴリズムを用いて混合細胞中の免疫細胞の構成と存在量を推定するもので、1000回近く引用されています。CIBERSORTの最初のバージョンは2015年にNature Methodsに掲載され、現在のアップグレード版であるCIBERSORTxは2019年にNature Biotechnonogyに掲載されました。

CIBERSORTは、線形サポートベクター回帰に基づくヒト白血球サブタイプの発現行列のデコンボリューションのためのウェブベースのツールです。主にマイクロアレイの発現行列に使用され、未知の混合物の発現行列や類似の細胞タイプを含む発現行列のデコンボリューションでは、他の手法（LLSR,LLSR,PERT,RLR,MMAD,DSA）よりも優れています。この方法は、22の白血球サブタイプに対する遺伝子発現シグネチャーセット-LM22を提供する既知の参照セットに基づいています。 ウェブサイトリンク: http://cibersort.stanford.edu/

CIBERSORTは、線形サポートベクトル回帰の原理に基づいて免疫細胞サブタイプの発現マトリックスをデコンボリューションするツールで、RNA-Seqデータを用いて免疫細胞の浸潤を推定するために使用できます。 ユーザーはアカウントを登録するだけで、データと結果を保存するための500Mの容量を得ることができます。操作は、免疫浸潤を解析するための標準的な発現マトリックスファイルをアップロードするだけ。他の細胞タイプを含む浸潤の割合を解析したい場合は、公式ウェブサイトが促すフォーマットに従って適切なファイルをアップロードする必要があります。

ツール機能

シングルセルRNAシーケンシングは、現代の医学研究にとって強力な技術となっており、科学者はがんなどの疾患について個々の細胞の発現や挙動を研究することができます。しかし、この技術は保存された組織サンプルではまだ利用できず、日常的な臨床検査に大規模に使用するには高価すぎます。

このような欠点に対処するため、スタンフォード大学医学部の研究者たちは、全組織サンプルやデータセットから直接個々の細胞の遺伝子発現を解析できるCIBERSORTxと呼ばれる計算ソフトウェアを発明しました。

登録プロセス

CIBERSORTデータベースは、登録するために非営利edu教育の電子メールアドレスが必要です、私たちは、登録アドレスを開きますhttps://cibersort.stanford.edu/register.php

下図のように：

非商用利用のみ。 非学術的および商業的なユーザーは、以下をご覧ください。 これ. .comで終わる個人メール（Gmail、Yahoo、Hotmailなど）や商用メールは自動的に拒否されます。.comで終わる個人メール（Gmail、Yahoo、Hotmailなど）や商用メールは自動的に拒否されます。

非商用利用のみ。非学術的および営利目的の方は、下記をご覧ください。以下は.学術団体や非営利団体に所属されている方は、所属団体のEメールをご利用ください。.comで終わる個人メール（Gmail、Yahoo、Hotmailなど）や商用メールは自動的に拒否されます。

私たちは情報を記入します：

氏名欄：姓

メールボックス欄：Eメール* 学校名：所属機関* 勤務先または所属研究機関

組織の所在地: 市* 組織の所在地: 都道府県* 組織の所在地: 国* 組織の所在地: 国

アカウント認証

ご登録ありがとうございます！ljaime4698@xxxx.edu に確認メールが送信されました。
アクティベーションリンクをクリックして、アカウントをアクティベートしてください。リンクは1時間後に失効しますのでご注意ください。リンクの有効期限が切れた場合は、古いリンクをクリックすると別の有効化リンクが表示されます。

私たちが情報を入力し、送信をクリックすると、私たちのeduのメールアドレスにcibersortxから「CIBERSORTx登録確認」という件名の確認メールが届きます。

アカウントを有効化するには、このリンクをクリックしてください。このリンクをクリックしてもうまくいかない場合は、下のリンクをコピーしてブラウザに貼り付けてください。

監査の成功

私たちが確認した後、アカウントはすぐに使用することはできません。cibersortxの公式手動審査によって承認される必要があり、手動審査と承認が承認されたときにのみログインして使用することができ、同時に通知メールが届きます。USのeduのメールボックスを使えば、cibersortxから数秒後に到着します。

承認： CIBERSORTx アカウント有効化リクエスト

CIBERSORTx アカウントのアクティベーションの申請が承認されました。 これで、以下のページにログインできます。 CIBERSORTxウェブサイト.

使いやすい

最初のステップは、下図に示すように、データをアップロードすることです。メニュー-ファイルのアップロード-ファイルの追加サンプルデータにある形式でtxtデータをアップロードしてください。

だんかいをクリックしてパラメータを設定します。メニュー-CIBERSORTx-2.Impute Cell Fractionsの実行具体的な構成は以下の通り：

実行速度を上げるため、ここでは有意性分析のためのPermutationsが50回選択されています：

第三段階しばらく実行すると、結果がわかります。メニュー-仕事の結果CSVまたはXLSXをクリックして予測結果を取得すると、次のようになります。モジュール1出力データの

メールアクセス

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