前言介绍

CHARMM-GUI（https://www.charmm-gui.org）是一个基于网络的免费平台，专门为分子模拟研究提供强大的工具和资源。它的名字来源于“CHARMM”（Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics），这是一个广泛使用的分子动力学模拟软件。CHARMM-GUI 的目标是帮助科学家、研究人员和学生更轻松地构建和模拟复杂的分子系统，特别是生物大分子，比如蛋白质、脂质、核酸以及它们的复合物。

主要功能

CHARMM-GUI 提供了多种模块，每个模块都针对不同的研究需求。以下是一些核心功能：

1. 分子建模：用户可以从头开始构建分子系统，或者上传已有的分子结构（如蛋白质、DNA、RNA等），平台会自动优化结构并添加缺失的原子。
2. 膜系统构建：对于研究细胞膜或脂质双分子层的科学家，CHARMM-GUI 提供了专门的工具来构建复杂的膜系统，包括蛋白质-膜复合物。
3. 溶液系统构建：用户可以模拟分子在水溶液或其他溶剂中的行为，平台会自动添加溶剂分子和离子以模拟真实环境。
4. 输入文件生成：CHARMM-GUI 可以为多种分子动力学软件（如 CHARMM、NAMD、GROMACS、AMBER 等）生成输入文件，方便用户直接运行模拟。
5. 教程和文档：平台提供了详细的教程和文档，帮助新手快速上手，同时也为高级用户提供了深入的技术支持。

为什么它重要？分子模拟是研究生物分子结构和功能的重要工具，但构建模拟系统通常非常复杂，需要大量的时间和专业知识。CHARMM-GUI 通过自动化和用户友好的界面，大大降低了这一门槛。无论是研究蛋白质如何与药物相互作用，还是探索细胞膜的物理特性，CHARMM-GUI 都能提供强大的支持。

谁在使用它？CHARMM-GUI 被全球的生物物理学家、化学家、药物研发人员以及学生广泛使用。它的用户群体包括学术研究人员和工业界的科学家，特别是在药物设计、结构生物学和材料科学领域。CHARMM-GUI 是一个功能强大且易于使用的工具，为分子模拟研究提供了极大的便利，帮助科学家们更高效地探索分子世界的奥秘。

平台注册

我们打开注册地址：https://www.charmm-gui.org/?doc=register  如下图所示：我们要用国外edu邮箱，优选美国edu，不要用educn会提示人工审核，可能大概率收不到charmm-gui验证邮件。

name：(First & last name. Example: Wonpil Im) 姓名：（姓和名。例如：Wonpil Im）

Affiliation (Current affiliation. Example: Lehigh University)  所属机构（当前所属机构。例如：Lehigh University）

E-Mail (Current affiliation email only. NO email from qq.com, 163.com, yahoo.com, gmail.com, etc)电子邮件（仅限当前所属机构电子邮件。禁止使用来自 qq.com、163.com、yahoo.com、gmail.com 等的电子邮件）

我们输入点击提交后，如下图提示：

An email was just sent to you for your email address validation. If necessary, please check your JUNK or SPAM mailbox. If you did not receive our email, you typed an invalid or wrong email address. If you do not validate your email within 2 days, you need to do the registration from the beginning.

刚刚向您发送了一封电子邮件，要求您验证电子邮件地址。如有必要，请检查您的垃圾邮件或垃圾邮件邮箱。如果您没有收到我们的电子邮件，则说明您输入了无效或错误的电子邮件地址。如果您在 2 天内未验证您的电子邮件，则需要从头开始注册。

我们打开edu邮箱就收到标题：[CGUI email validation]的邮件如下图所示：

Please click here to validate your email address. Alternatively, copy the following URL into your address bar:

https://www.charmm-gui.org/?doc=register&do=exist&email=Tim.89128@xxx.edu&passcode=CxSUjhNiQXHR

失败案例

如果我们填写的个人信息不符合CHARMM-GUI要求，收到的邮件标题就是 [CGUI User declined]

Your request is declined due to one or more of the following reasons:您的请求因以下一个或多个原因而被拒绝：
1. The name should be your full (first and last) name.1. 姓名应为您的全名（姓和名）。
2. Your email should be your affiliation email.2. 您的电子邮件应为您​​的所属电子邮件。
3. The affiliation name should be your affiliation name.3. 所属名称应为您的所属名称。
4. Your affiliation does not belong to academic and governmental institutes.4. 您的所属机构不属于学术和政府机构。
Please request your account again with proper information, or get a proper license for commerical use.请使用正确的信息再次申请您的帐户，或获取适当的商业使用许可。
The CHARMM-GUI Development Team。CHARMM-GUI 开发团队

成功案例

如果我们填写的edu邮箱和个人信息符合要求，邮件标题就是[CGUI User approved] 

You can now access to the CHARMM-GUI Input Generator modules. Here is your account information:

您现在可以访问 CHARMM-GUI 输入生成器模块。以下是您的帐户信息：

You can change your information after you login. We recommend that you change your password in ‘User Profile’ below ‘Logout’ as soon as possible.登录后您可以更改您的信息。我们建议您尽快在“退出”下的“用户资料”中更改密码。

Here are several tips that can be very useful to resolve a lot of your CHARMM-GUI errors:
(1) 99% CHARMM-GUI errors occur during PDB reading. Please check the following FAQ to resolve common errors: https://charmm-gui.org/faq#pdb_errors.
(2) Regardless of using AMBER or CHARMM FF, the best video demos for Membrane Builder might be:
https://www.youtube.com/watch?v=BUIAG1vHT9c&t=13s and https://www.youtube.com/watch?v=j-KmfDy3vxo&t=16s.
(3) Please check the following FAQs for proper ligand molecule reading and parameterization:
https://www.charmm-gui.org/faq#reading_ligands
https://www.charmm-gui.org/faq#ligandrm_cgenff
(4) Your JOB IDs (less than a week old) are available in your User Profile. CHARMM-GUI only keeps your job(s) for a week.
(5) To get an update and an important notice quickly, please follow CHARMM-GUI on Twitter (https://twitter.com/CharmmGui) and YouTube (https://www.youtube.com/channel/UCtHN7aNAjDet_JKWPxSioLQ).

Thank you!
The CHARMM-GUI Development Team